Devido ao seu isolamento geográfico, as ilhas são possuidoras de uma biodiversidade única, tanto terrestre como marinha.
Os passeios marítimo-turísticos oferecem a possibilidade de observar os magníficos cetáceos que nadam pelos mares da Madeira, com mais de 20 espécies registadas ao longo do ano, sendo as mais comuns o golfinho-comum (Delphinus delphis), o golfinho-roaz (Tursiops truncatus), a baleia-piloto (Globicephala macrorhynchus) e a cachalote (Physeter macrocephalus).
Em domínio terrestre, o Birdwatching é atualmente uma atividade emergente. A título de exemplo, a inacessibilidade de grande parte da arriba do Cabo Girão favorece a nidificação de algumas espécies de avifauna marinha pelágica, tais como a cagarra (Calonectris borealis), o roque de castro (Oceanodroma castro), o garajau comum (Sterna hirundo) e o patagarro (Puffinus puffinus). Destaca-se ainda o andorinhão-do-mar (Apus pallidus brehmorum), a toutinegra (Sylvia atricapila heineken) o pintassilgo (Carduelis carduelis parva), o melro-preto (Turdus merula cabrerae), canário-da-terra (Serinus canaria canaria).
